בפנקס החברא קדישא של קהלת קראקא הובא מעשה נפלא: "עני אחד מעוברי האורח הרבים שעברו בעיר, פנה אל גבאי הח״ק ואמר לו כי ברצונו לקנות חלקה בבית הקברות ליד קברו של ה״מגלה עמוקות".
כמובן שהגבאי לא שמע לו.
העני הפציר בו שוב ושוב ואמר כי יתן כל הון שבעולם עבור החלקה.
הגבאי, ברצונו להפטר מהאיש נקב בסכום עתק כשווי החלקה, והנה לתדהמתו הוציא העני את הסכום מכיסו ומסרו לגבאי בלית ברירה ערך עמו הגבאי "שטר מכירה" על החלקה. עוד באותו לילה נסתלק האורח העני לבית עולמו, ומכיון שלא היה לו קרוב או מכיר, קברו אותו בצד בית הקברות, בחלקת העניים.
בלילה שאחריו נגלה העני בחלום לגבאי והזמינו לדין תורה, שהרי בידו "שטר מכירה" על החלקה שליד קבר ה״מגלה עמוקות". בתחילה לא שת הגבאי לבו לחלום. הנפטר הוסיף להופיע בחלומו לילה אחר לילה. בצר לו, החליט הגבאי לבוא לפני רבה של קראקא, הב״ח, ולהוועץ עמו כדת מה לעשות, הגבאי אכן הודה כי מכר את החלקה. הב״ח פסק: "כי אם האיש ראוי לשכב ליד ה״מגלה עמוקות" יש לו רשות לסלק עצמו לשם".
למחרת היום, כאשר באו אנשי החברה קדישא לבית הקברות, מצאו קבר חדש שלא ידעו עליו קודם, ליד קברו של ה״מגלה עמוקות", ואילו הקבר של העני היה מונח ריקם… על הקבר בנו מציבה ועליה נחרת:
”ציון לנפש חיה פה מצאנו
לדעת שמה לריק יגענו
יען נמצא קבור באשמנים
ותמחנה אותותיו מרוב שנים
כן יגיד עלי' רעו גאון עוזנו
מגלה עמוקות ומגיה חשכנו
כי רב כבודו בשם תפארת
להישאר בדור דורים למזכרת
גבאי הח"ק זאת אל לבם השיבו
ומצבה חדשה על קברו הציבו
תקב"ץ לפ"ק לבריאת ארץ ושמים”
שנים לאחר מכן, חודשה המצבה שוב על ידי החברה קדישא דקרקוב, ואז נוסף עליה הכיתוב:
”נתחדשה ע"י ראשי קהלתנו מש' תרפ"ד
וכפי הנראה מכתבי קדמוניות
נקבר פה הר' יצחק בהג' מו'
נתן שפירא זצ"ל בעל מגלה עמוקות
נפטר בדמי ימיו בן כ"ה שנים
בר"ח שבט ת"ט לפ"ק תנצב"ה”
במהלך השואה האיומה נעקרה המצבה ממקומה, ולאחר השואה, כאשר חודש בית הקברות, הוקמה המצבה מחדש בריחוק מקום, והכיתוב "יגיד עליו ריעו" הודגש (לעומת יתר הכיתוב, שתלאות הזמן טשטשוהו).
יש טוענים כי אכן, במקום בו עמדה המצבה טמון רבי יצחק, בנו של הרה"ק בעל מגלה עמוקות, ויש טוענים כי אכן אין ידוע מי קברו מתחת למצבה זו.
